实验中心从制度建设、日常管理和经费保障等方面来保障设备的维护维修工作。中心依托《黄冈师范学院实验室教学仪器设备使用记载制度》、《黄冈师范学院材料及易耗品管理办法》、《黄冈师范学院大型设备管理制度》、《黄冈师范学院损坏、遗失实验器材赔偿暂行办法》等学校相关制度，制定了中心《实验室教学仪器设备使用记载制度》、《实验室技术人员岗位职责》、《实验室开放管理办法》、《实验室主任工作职责》、《实验室实验员考勤制度》、《实室仪器设备管理制度》、《实验室环境卫生管理制度》、《实验室安全管理制度》、《实验课任课教师职责》等一系列规章制度，这些制度针对不同的工作岗位和环节，明确了相关的操作流程和规范，从制度上对于维护实验室的有序、持续运转奠定了基础。
实验室软硬件的维护维修，中心实行的是学院和学校两级负责制，实验中心配有2名专职的实验技术人员，负责中心软件系统的维护和硬件的维修；配有3名专职实验管理人员，对中心各实验室实行日常卫生、安全等工作的包干负责制。中心解决不了的特殊问题，如损坏的、需要报废的等，则会按照学校相关制度规定，履行设备损害、报修、报废等工作程序，由国资处、设备供应商等提供维护维修工作支持。
中心设备维修经费，年初由学校制定设备维修财务预算，中心设备维修实行使用审批制。由中心提交《仪器设备维修申请表》，向学校国资处提出维护维修申请，经学校审批后实施，维修经费由学校国资处从预算中开支。这种专款专用、集中控制的方式，统筹了经费，也保障了效率。
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